Po kilku podróżach do Kenii i Ugandy, w celu nauki języka, ksiądz Jan Marciniak wyjechał w 1992 roku do Ugandy, gdzie rozpoczął swoją posługę misyjną jako proboszcz parafii w Namaliga – wiosce położonej w pobliżu stolicy kraju. W kraju, gdzie nie brakowało potrzebujących i chorych, swoje siły wkładał w budowanie szkół, kościołów, czas i siły – na wzór św. Jana Bosko – poświęcał dzieciom i młodzieży. W kolejnych latach pracował w Kenii, potem w Tanzanii i znowu w Ugandzie. Od roku 2010 wrócił do pracy w Nairobi – stolicy Kenii – w ośrodku dla dzieci ulicy Don Bosco Boys Town, a następnie do Tanzanii. W lipcu 2015 roku został skierowany do pracy w placówce misyjnej w Maridi w Sudanie Południowym.